В 2032 году Земля страдает от внезапного вторжения инопланетных сил. Девятнадцать лет прошло после этого события, и с хаосом, управляющим земным шаром, единственный способ спасти мир от полного уничтожения - это выжить и бороться с теми, кто заставляет Землю полностью уничтожить.
Black Rock Shooter (в игре «живое оружие», обозначенное именем BRS), на него возложена обязанность защищать человечество, обладая способностями сражаться с захватчиками как основным оружием. Она выходит из руин Сан-Франциско и становится свидетелем накопления уцелевших войск, которое становится ее опорой на протяжении всей ее миссии.
