Последний приказ начинается, когда нанотехнологии Дести Новы воскрешают Алиту в летающем городе Тифарес. Черные тайны города злобно разоблачены, но, похоже, это небольшая часть сложного мира. Отправляясь в космос со старыми и новыми компаниями, чтобы узнать больше о своем забытом прошлом и, в равной степени, найти своего потерянного друга Лу Коллинза, Алита оказывается втянутой в межпланетную битву между главными державами колонизированной солнечной системы. По пути она заключает союз с тремя репликами Алиты, которые теперь начали верить за себя, сомнительным суперхакером, и самим Новой, когда она участвует в турнире Zenith of Things Tournament (ZOTT), соревновании, проводимом каждые 10 лет. Включая способ, которым Земля появилась после катастрофической зимы, которая уничтожила большую часть публики на протяжении всего повествования, показано больше истории, касающейся сеттинга Боевого ангела Алиты, которая не была раскрыта в более ранней строке.
