В AG 101 (101-й год календаря Advanced Generation) таинственная сущность, известная только как «UE», или «неизвестный враг», атакует и уничтожает космическую колонию Angel. Это жестокое нападение стало печально известным как «День падения ангела» и знаменует начало войны человечества за выживание. Сюжет начинается в AG 108, когда UE атакует космическую колонию Ован, где сейчас живет Флит Асуно после того, как он сбежал из колонии Ангел до ее разрушения. Мать Флита незадолго до того, как она была убита UE, дает своему сыну предмет под названием «Устройство возраста». В нем он обнаруживает чертежи мощного оружия из прошлого - древнего мессии по имени «Гандам».
Согласно этим чертежам, Флит в следующие несколько лет изучит инженерное дело на базе Земной Федерации в космической колонии Нора и конструирует Gundam AGE-1. Семь лет спустя, в AG 115, Флит завершает Gundam AGE-1 Normal, так же как UE атакует Нору и использует его, чтобы помочь экипажу линкора Федерации «Diva» в эвакуации граждан колонии до того, как она будет уничтожена. Будучи преисполнен решимости довести битву до UE за дважды разрушенный его дом, Флит соглашается служить в отряде мобильных костюмов Дивы, пилотируя Гандам. После получения достаточных данных и военной мощи, чтобы определить курс действий, команда Дивы и их союзники начинают успешную атаку, разрушившую секретную крепость UE на астероиде Амбат. Там они узнают, что UE на самом деле являются потомками якобы неудавшейся человеческой миссии, посланной для колонизации Марса, оставленной умирать Земной Федерацией, которая сформировала свою собственную нацию на красной планете под названием Вейган.
