Братья применяют запрещенную алхимическую технику трансмутации человека, чтобы воскресить ее, когда Триша умирает от чумы. В результате трансмутация имеет неприятные последствия, и по закону при равном обмене левая нога и все тело Альфонса Эдварда разрушаются. Эдвард теряет правую руку, чтобы спасти душу Альфонса, связывая ее кровавой печатью в доспехах. Рой Мустанг предлагает Эдварду стать методом восстановления тела Альфонса, который будет исследован государственным алхимиком. Эдвард торжествует, получив прозвище Стальной алхимик в соответствии с его протезами почтовых конечностей.
Три года спустя Элрики ищут легендарный Философский камень, чтобы реализовать свои цели. Марко отправляет свои заметки, чтобы они нашли их, однако они узнают, что существенным фактором для создания Камня являются человеческие жертвы. Приятель Мустанга, Мэйс Хьюз, продолжает свои исследования, но был застрелен из-за замаскированной Зависти за обнаружение стратегий гомункулов.
Наблюдая за Изуми, элрики узнают, что она совершила человеческую трансмутацию своего мертворожденного ребенка. Изгой-гомункул Жадность захватывает Альфонса, но его спасает президент Аместриса король Брэдли, который действует как гомункул Гнев. Таким образом, жадность растворяется и снова поглощается Отцом-создателем гомункулов. Уинри и Элрики возвращаются в Центральный город, чтобы пойти с Хьюзом, но узнают о его кончине. Лейтенант Мария Росс обвиняется в убийстве Хьюза, но, очевидно, убита Мустангом. Тем не менее, Эдвард узнает, что отъезд Росс был инсценирован, чтобы Мустанг мог контрабандой переправить ее из США в Син с помощью принца Синезе Лин Яо. Хоэнхейм воссоединяется с Эдвардом, но презирает его за долгое отсутствие в доме.
По мере развития повествования главные герои постоянно сталкиваются с гомункулами. Мустанг убивает похоть; Мустанг и Линг захватывают Чревоугодие, однако он в конечном итоге поглощает Зависть в свой нуль, а Эдвард, Линг-подобный живот. Чревоугодие приводит Альфонса на встречу с отцом, но Линг превращается прямо в гомункула, в частности, в новейшую аватарку Жадности, когда остальные сбегают из чрева Чревоугодия. Элрики освобождаются, чтобы продолжить преследование, при условии, что они не выступают против отца.
Обнаружив подземный туннель под Бриггсом, генерал Оливье Армстронг обнаружил, что Отец и Элрики создают национальную группу трансмутации и намереваются дать своим гражданам возможность возвыситься до божественности. Жадность восстанавливается, предает Отца и его предыдущие воспоминания, объединившись с Эдвардом, химерными миньонами Кимбли Хоэнхайм. Хоэнхейм раскрывает своим сыновьям индивидуально, что он не смертный, превратившийся Отцом в живой философский камень четыреста лет назад.
Наступает День Обещания, и Отец готовится начать свою стратегию, имея в виду затмение и тех, кто пытался человеческое преобразование, как его существенные жертвы. Различные главные герои вступают в конфликт с приспешниками отца, и все гомункулы умирают. Вслед за форсированным Мустангом, а также за Элриками, Идзуми, Хоэнхайм собираются как причины, по которым папа активирует национальную трансмутацию. Тем не менее, Шрам и Хоэнхейм активируют аместрийцев, чтобы их спасти с помощью контрмер. Отец разрушает жадность, хотя папа сталкивается с землей, где главные герои сражаются с ним, чтобы разрушить его Философский камень.
Альфонс, чья броня почти разрушена в последнем конфликте с Отцом, дает свой дух, чтобы вернуть себе правую руку, которая, в свою очередь, разрушает Камень Отца, отправляя его обратно к эфирным Вратам Истины Эдварда. Эдвард теряет способность заниматься алхимией, чтобы восстановить душу и тело Альфонса. Хоэнхайм видит могилу, где он умирает с ухмылкой Триши.
